为更好地整合校内各种优势，凝聚优秀人才，围绕西部大开发的全局性、综合性、战略性的重大问题开展科学研究、科技服务、人才培养、国际合作，中国西部发展研究院自成立以来，已先后组建了宏观经济研究所等13个研究所（中心），包括：
浙江大学中国西部发展研究院宏观经济研究所；
浙江大学中国西部发展研究院经济发展研究所；
浙江大学中国西部发展研究院社会与文化研究所；
浙江大学中国西部发展研究院政府创新研究所；
浙江大学中国西部发展研究院能源经济研究所；
浙江大学中国西部发展研究院环境与资源研究所；
浙江大学中国西部发展研究院人口与发展研究所；
浙江大学中国西部发展研究院区域规划与循环经济研究所；
浙江大学中国西部发展研究院人才战略研究中心；
浙江大学中国西部发展研究院影视中心；
浙江大学中国西部发展研究院现代农业技术中心；
浙江大学中国西部发展研究院投资促进中心；
浙江大学技术转移中心西部分中心。
在成立研究所（中心）的同时，研究院正在通过公开招聘、双聘等形式组建一支专职和兼职相结合的研究团队。
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